Deux écoles de pensées, représentées par l’ILADS (International Lyme and Associated Diseases Society) et l’IDSA (Infectious Diseases Society of America), se distinguent en ce qui concerne leurs approches diagnostiques et thérapeutiques de la maladie de Lyme. L’IDSA adopte un point de vue étroit, définissant la maladie en termes strictes et en recourant à des options de traitements limités. L’ILADS adopte un point de vue plus large, considérant que le jugement clinique devrait avantageusement déterminer qui devrait être traité et de quelle façon.

Les 2 groupes ont publié des lignes directrices fondées sur des preuves, par contre seulement ceux de l’ILADS se retouvent encore dans la base de données médicales de lignes directrices des États-Unis (National Guidelines Clearinghouse), car ceux de l’IDSA ont été jugés désuets en non-conformes aux standard actuels. Alors que l’IDSA exprime ses inquiétudes face aux sur-traitements, l’ILADS signale que les décisions thérapeutiques devraient être basées sur l’analyse bénéfices-risques de chaque individu, en prenant en considération les coûts de santé, l’aspect financier et la qualité de vie associés au patient laissé sans traitement. Tout traitement médical véhicule des risques; les risques associés aux traitements antibiotiques précautionneusement gérés étant généralement bas.